学校在整体打造“水木清华”课程体系的同时，注重学生个性和特长，鼓励学生多元发展，为学生提供多种学习的机会。学校在多年的努力下，通过开展特色课程和丰富多彩的特色活动，逐步确立了一些特色项目，例如：口琴、男足、女篮、非遗、科技和外语等。

这些特色项目，经过多年的建设和实践，都得到了广泛的好评，并获得了各种荣誉。校口琴队在区、市、国家多层面获得优异奖项；校女子篮球队更是多次代表上海市参加全国比赛并曾获得全国女子篮球（初中组）亚军的最好成绩；学校的“非遗”项目——上海灯彩，入选第一批国家级非物质文化遗产扩展项目名录，学校被授牌为“上海市十佳非遗校园传习基地”，上海市中华传统文化研习校外实践基地； “小实验大科学”是区域共享课程，开发有校本讲义，任课教师更是获得区教学展示一等奖，多次指导学生荣获青少年科技创新大赛多项一等奖。

学校以培养具有清华特色的学生为目标，未来走出清华的学生，将至少基本会1种乐器（口琴），基本掌握1门运动（篮球或足球），会1项传统文化技能（制作灯彩），除英语之外会1门第二外语的日常会话，参与1项科技创新活动。清华的学生是“乐学、乐思、乐问、乐练、乐群”的，是自信的，是全面发展的。